Sistemas recomendados para Dinámica Molecular

Sistemas recomendados para Dinámica Molecular

El funcionamiento e interacción de las biomoléculas es fundamental para comprender las enfermedades, desarrollar nuevos fármacos
y la administración de tratamientos médicos.

La microscopía electrónica criogénica (cryo-EM) es un método de obtención de imágenes que permite la observación directa de las proteínas en estado nativo o casi nativo sin tintes ni fijadores, lo que permite a los investigadores estudiar las estructuras celulares, los virus y los complejos proteicos con detalle molecular.

Esta reconstrucción de estructuras tridimensionales y de resolución casi atómica de biomoléculas suele requerir miles de imágenes y una compleja computación, lo que dificulta la obtención de estructuras de alta resolución.

La crioelectrónica puede ayudar a superar este reto. Su éxito dependerá de una mayor adopción, del aumento del tamaño de los datos, de la maduración del mercado y del auge del deep learning.

 

CONJUNTOS DE DATOS MASIVOS

El alcance y la complejidad de los datos de cryo-EM han aumentado enormemente con los avances en la automatización y la tecnología visual.
Las cámaras con mayor sensibilidad capturan imágenes a velocidades de cuadro más rápidas. Con la mejora de la preparación de las muestras, la automatización de la adquisición de datos y los tiempos de funcionamiento de los instrumentos, los requisitos para el procesamiento de datos y la computación siguen aumentando.

Por ejemplo, en un experimento típico, a menudo se necesitan entre 1.000 y 8.000 imágenes, capturadas a partir de 4 a 8 terabytes (TB) de datos de imágenes sin procesar, para generar mapas de alta resolución de una sola partícula.

En los últimos años, casi todos los pasos de los flujos de trabajo de una sola partícula que requieren un gran esfuerzo informático de trabajo de una sola partícula se han adaptado para aprovechar los procesadores de la GPU, que acortan drásticamente los tiempos de procesamiento. Para seguir el ritmo del aumento del tamaño de los datos, las aplicaciones de crioelectrónica deben optimizarse para las GPU de gama alta.

LA MADURACIÓN DEL MERCADO

Tradicionalmente, el procesamiento de los datos de las imágenes criogénicas para descubrir las estructuras de las proteínas y crear
mapas 3D de alta resolución requiere la intervención de expertos, conocimientos estructurales previos y semanas de cálculos en costosos clusters informáticos.

A medida que se generaliza, la crioelectrónica está fomentando la demanda de software comercial, de grado comercial y no experto. Estas soluciones de software implican el uso de algoritmos para automatizar tareas especializadas y que requieren mucho tiempo.

INFUSIÓN DE EL DEEP LEARNING

La selección de partículas de proteínas individuales en micrografías de cryo-EM es un paso importante en el análisis de partículas individuales. Es un reto identificar las partículas debido a la baja relación señal-ruido y a las enormes variaciones que se producen en los complejos macromoleculares biológicos.

Aprovechando el aprendizaje sin etiqueta positiva, un pequeño número de ejemplos de proyecciones de proteínas puede entrenar una red neuronal para detectar proteínas de cualquier tamaño o forma. Topaz, una aplicación de código abierto con esta capacidad, detecta muchas más partículas que otros métodos de software sometidos a prueba. Gracias a las GPU de NVIDIA, se reduce drásticamente la cantidad de datos que hay que etiquetar manualmente.

LAS GPUs EN EL WORKFLOW DE CRYO-EM

Los métodos de cryo-EM están abriendo oportunidades para explorar la complejidad de las estructuras macromoleculares de formas antes inconcebibles. Desde los sistemas de investigación en fase inicial hasta los grandes centros de datos, las GPU están permitiendo acelerar el flujo de trabajo de principio a fin. Al optimizar las cargas de trabajo clave para la adquisición de datos y la reconstrucción de una sola partícula, las GPU siguen proporcionando vías para lograr avances científicos y sanitarios.

Con el cálculo basado en la GPU y el aprendizaje profundo, los avances en la crioelectrónica aumentarán su fiabilidad y rendimiento y, en última instancia, su adopción y éxito.

T-Series Cryo-EM

 

Presentamos T-Series Cryo-EM, una estación de trabajo equipada con las últimas GPUs de NVIDIA® RTX™, con procesadores Intel® Xeon® Scalable Processors y la preinstalación de una pila de software orientado a la Microscopía Electrónica.

Las GPUs NVIDIA® permiten a los investigadores de Cryo-EM aprovechar la potencia de las GPUs no sólo para acelerar las tareas de refinamiento y clasificación, sino también para reducir aún más la carga computacional gracias a la elevada densidad de cálculo de las GPUs.

Nuestro objetivo es el de proporcionar al sector de Investigación en Biología una solución de computación intensiva y por consiguiente el facilitar a los investigadores recursos para los procesos de Cryo-EM que son intensivos desde el punto de vista computacional, como la clasificación de imágenes y el refinamiento de alta resolución..

W64 Molecular Dynamics

Ofrecemos un superordenador de Dinámica Molecular en formato desktop. Estación de trabajo de dinámica molecular «plug and play» con las últimas GPU NVIDIA® RTX™, preinstaladas con la pila de software de dinámica molecular.

Hoy en día, aplicaciones de simulación de dinámica molecular como AMBER, GROMACS, NAMD y LAMMPS, entre otras, requieren de GPUs potentes. Cuanto más potente sea la estación de trabajo de la GPU, más rápido se ejecutarán las simulaciones más largas en menos tiempo.

W45 Data Science

 

W45 Data Science, un sistema que le ofrece el rendimiento que necesita para transformar grandes cantidades de datos en información y crear experiencias de cliente sorprendentes, potenciadas por NVIDIA® para la ciencia de datos. Construida para combinar la potencia de las GPU NVIDIA® RTX™ con el software acelerado de ciencia de datos CUDA-X AI, ofreciendo así una nueva generación de estaciones de trabajo totalmente integradas para la ciencia de datos.

Hoy en día, la ciencia de datos y el aprendizaje automático se han convertido en el segmento informático más grande del mundo. Modestas mejoras en la precisión de los modelos de análisis se convierten en miles de millones en el balance final. Para crear los mejores modelos, los científicos de datos se esfuerzan en entrenar, evaluar, iterar y reentrenar a fin de ofrecer modelos de rendimiento y resultados de alta precisión. Con RAPIDS™, los procesos que tardaban días tardan minutos, lo que facilita y acelera la creación e implementación de modelos de generación de valores.

RAPIDS es un paquete de bibliotecas de software de código abierto e interfaces API para ejecutar canalizaciones de ciencia de datos por completo en las GPU, que puede reducir los tiempos de entrenamiento de días a minutos. Basado en NVIDIA® CUDA-X AI™, RAPIDS conjuga años de desarrollo en gráficos, aprendizaje automático, deep learning, computación de alto rendimiento (HPC) y mucho más.

W45 Data Science, configurada para garantizar el máximo nivel de compatibilidad, capacidad y fiabilidad. Obtenga hasta 96GB de memoria gráfica local ultrarrápida para manejar los conjuntos de datos más grandes y las cargas de trabajo más intensas. Aproveche lo último en tecnología de trazado de rayos para una visualización local de alto rendimiento y configure el acceso remoto para obtener la máxima flexibilidad. Con NVIDIA® RTX™ puede maximizar la productividad, reducir el tiempo de conocimiento y el coste de los proyectos científicos.

W45 Data Science es una estación única para cualquier profesional, una plataforma común para HPC, Inteligencia Artificial, Simulación, Visualización y Análisis en una sola supercomputadora.

NVIDIA DGX STATION A100: El Equipo de trabajo para la Era de La IA

NVIDIA DGX STATION A100: El Equipo de trabajo para la Era de La IA

Los equipos de ciencia de datos están a la vanguardia de la innovación, pero a menudo se les deja buscando ciclos de computación de IA disponibles para completar los proyectos. Necesitan un recurso dedicado que se pueda conectar en cualquier lugar y que proporcione el máximo rendimiento para múltiples usuarios simultáneos en cualquier parte del mundo. NVIDIA DGX Station™ A100 lleva la supercomputación de IA a los equipos de data science, ofreciendo la tecnología de un data center sin tener que disponer de uno, o infraestructura de IT adicional. Su potente rendimiento, una pila de software totalmente optimizada y el acceso directo a los DGXperts de NVIDIA aseguran tiempos más rápidos de investigación.

NVIDIA RTX Studio: Crea en cualquier lugar

NVIDIA RTX Studio: Crea en cualquier lugar

RTX Studio da paso a una nueva era de rendimiento creativo con portátiles y ordenadores de sobremesa diseñados específicamente para alimentar las mentes más innovadoras del mundo. Equipadas con las GPU RTX líderes en la industria de NVIDIA, estas máquinas cuentan con pantallas de colores vivos y memoria y almacenamiento de alta velocidad, todas diseñadas con precisión en portátiles con plena capacidad y workstations con niveles de potencia sin precedentes. A su vez, con la compatibilidad con NVIDIA Studio, tu hogar puede convertirse en el estudio creativo de tus sueños. Adobe Creative Cloud ofrece a los artistas especializados en fotografía, diseño gráfico, edición de vídeo y gráficos en movimiento 3D un robusto portfolio de más de 30 aplicaciones y herramientas necesarias para realizar sus visiones creativas.

Asus Pro E800 G4

Asus Pro E800 G4

Una estación monoprocesadora MultiCore en el Top de la gama Asus Certified Workstations, Asus Pro E800 G4 está diseñada para profesionales creativos, ofreciendo un rendimiento superior para el renderizado en tiempo real, simulaciones complejas y cargas de trabajo de datos con los últimos procesadores Intel Xeon W Serie 3200 y hasta cuatro tarjetas gráficas profesionales NVIDIA o AMD. Está construido para durar, certificado por múltiples proveedores de software independientes (ISV) y preparado para romper todas las expectativas de rendimiento.

Cuenta con arquitectura Intel Mesh de baja latencia y alto ancho de banda. Integra tecnología Intel Turbo Boost 2.0 consiguiendo frecuencias máximas de 4,3 GHz en sus hasta 28 núcleos CPU, capaz de redireccionar 1.536GB de memoria RAM.

El ancho de banda del bus PCIe con 68 canales (lanes) PCIe, son capaces de gestionar hasta 4 GPUs de la gama más alta .

Productividad eficiente con velocidad ultrarrápida

 

Dedique menos tiempo a esperar y más tiempo al diseño.
Con el soporte para hasta cuatro tarjetas gráficas, configuraciones RAID NVMe SSD y redes LAN duales de 10GbE, la Pro E800 G4 mejora su productividad al proporcionar velocidades ultrarrápidas para tareas que requieren un alto rendimiento, como el renderizado y el trabajo con archivos de gran tamaño.

Soporte para cuatro GPUs, ancho de banda más rápido

 

Pro E800 G4 admite hasta cuatro tarjetas gráficas de dos pisos con refrigeración activa o pasiva, cada una de las cuales admite un ancho de banda de enlace PCIe Gen 3 x16 para garantizar animaciones rápidas y fluidas y la representación de modelos. También es compatible con las últimas tarjetas gráficas NVIDIA® Quadro® para proporcionar la potencia necesaria para ejecutar aplicaciones de diseño, modelado, investigación médica y procesamiento de simulaciones y renderizado.

Certificación de Proveedor de Software Independiente (ISV)

Entendemos la importancia de la compatibilidad, y que el Pro E800 G4 debe estar listo para alimentar las aplicaciones que usted necesita. ASUS trabaja en estrecha colaboración con numerosos proveedores de software independientes para probar y verificar la compatibilidad con nuestro hardware. Estas certificaciones ISV proporcionan la tranquilidad que su organización necesita para estar segura de que la Pro E800 G4 funcionará de forma fiable y eficaz para sus necesidades.

Creación de contenido

NVIDIA Quadro RTX™ junto con la arquitectura Turing de NVIDIA aceleran todos los esfuerzos creativos, desde la renderización en tiempo real con calidad cinematográfica hasta el modelado fotorrealista de objetos y entornos complejos, repletos de sombras, reflejos y refracciones instantáneas.

Machine Learning

Asus Pro E800 G4 es compatible con 4 NVIDIA® Tesla® para aliviar la carga del procesador, permitiendo que las operaciones matemáticas masivamente paralelas sean gestionadas de forma más eficiente por las multi-GPU, lo que a su vez acelera la formación de las redes neuronales. La Pro E800 G4 también tiene hasta ocho bahías de unidad sin herramientas, por lo que está equipada para albergar las grandes cantidades de almacenamiento generadas por las operaciones de machine-learning.

Arquitectura, Ingeniería y Construcción

Asus Pro E800 G4 tiene el potencial de acelerar sus flujos de trabajo de arquitectura, ingeniería y construcción (AEC), con soporte para procesadores Intel® Xeon® W-3200 y cuatro gráficos NVIDIA® o AMD®. Este rendimiento extremo le permite completar proyectos BIM y CAD en un tiempo récord, y con la máxima fiabilidad y precisión.

Análisis de datos

Con hasta 28 núcleos de procesador Intel® Xeon® W-3200, la Pro E800 G4 es capaz de proporcionar una potencia de cálculo fenomenal para el análisis de datos. La BIOS se ha ajustado específicamente para dar a los científicos de datos el potencial de romper las barreras de rendimiento, acelerando el análisis de los modelos espaciales 3D y las extracciones de características para desbloquear nuevos conocimientos. La Pro E800 G4 también ha sido rigurosamente probada y está lista para funcionar 24/7 sin interrupciones.

Gestión Remota

La Workstation Pro E800 G4 cuenta con un ASMB9-iKVM integrado para proporcionar funciones completas de administración fuera de banda para la administración remota a nivel de hardware. Soporta actualizaciones remotas de la BIOS, control de ventiladores, KVMs, grabación de video y captura de BSOD, proporcionando monitorización remota y diagnósticos las 24 horas del día, incluso si el sistema operativo está desconectado o fuera de línea, a través de una interfaz gráfica basada en la web y fácil de usar que funciona con todos los navegadores principales.

Puertos y Ranuras

Preparado para los procesadores Intel® Xeon® W-3200

R-Series 7

R-Series 7

R-Series 7 es nuestra propuesta más compacta, una estación de trabajo portable que asombra por sus prestaciones gráficas, soporta toda la gama de gráficas de gran formato NVIDIA® Quadro™ / GeForce ™ para los más potentes escenarios de inmersión VR.

R-Series 7 es una solución ideal para profesionales de diseño CAD y 3D en general, que demanden una exigente capacidad de proceso gráfico con un consumo, precio y dimensiones reducidas.

Resulta ideal para equipar desde salas de formación 3D, hasta departamentos de ingeniería de simulación, marketing inmersivo, VR, estudios de diseño gráfico 3D y como sistema de visualización avanzada portable.

Tecnología 100% AMD Ryzen series 7 en 14 y 12nm con 8 cores físicos y 16 lógicos, hasta 4,30GHz, Gráficos PCI-Express 3.0 x16, Almacenamiento de estado sólido y soporte de graficas NVIDIA® de gran formato.

Ya es posible obtener rendimientos de estación de trabajo con presupuestos reducidos y no renunciar a la escalabilidad gráfica, gracias a R-Series 7

Podemos incorporar en un equipo portable las gráficas más potentes del mercado de estaciones de trabajo, NVIDIA® Quadro® de 32GB de Frame Buffer, los más potentes cálculos en paralelo CUDA™ y las certificaciones de las principales aplicaciones profesionales.

R-Series 7 es compatible con Oculus Rift y HTC Vive haciendo abordable los más complejos escenarios inmersivos VR.

NVIDIA Data Science Workstation

NVIDIA Data Science Workstation

W45 DATA SCIENCE WORKSTATION

CERTIFICADAS POR NVIDIA® CON QUADRO® RTX Y SOFTWARE PARA DESARROLLO DE CIENCIA DE DATOS DE ÚLTIMA GENERACIÓN.

Los datos masivos están cambiando de manera fundamental la forma de hacer negocios de las empresas, liderando la demanda de científicos de datos e incrementando la complejidad en sus workflows.

Consiga la potencia que necesita para transformar enormes cantidades de datos en visión estratégica y crear una experiencia de usuario asombrosa con las nuevas Workstations W45 potenciadas por Nvidia Quadro RTX.

Como NVIDIA Elite Partner (un exclusivo grupo de socios designados por NVIDIA para ofertar sistemas para inteligencia artificial) en Azken Muga encontrarás una completa linea de NVIDIA data science workstations con la suite de software para Inteligencia Artificial y data science acelerado por GPU Cuda-X, para ofrecer una nueva categoría de Workstation totalmente integradas para data science.

Construidas sobre la gpu más avanzada del planeta.

W45 Data Science incorpora toda la potencia de la tecnología RTX a tu workflow con Quadro RTX y Nvlink, hasta 96GB de memoria local ultra-rápida capaz de soportar los más grandes datasets y workloads de computación intensiva y ciencia de datos.

Aproveche lo último en tecnología raytracing para una representación gráfica de alto rendimiento, con capacidades de acceso remoto con alto contenido gráfico para maximizar la productividad, reducir el tiempo a la hora de extraer información útil y bajar el coste de proyectos de data science para asegurar el nivel más alto de compatibilidad, soporte y fiabilidad.

SOFTWARE ESPECIALIZADO

Integradas con software acelerado por gpu.

W45 Data Science Workstation incluyen una suite
de software para desarrollo de ciencia de datos intuitiva, testeada y optimizada basada en nVIDIA CUDA-X AI. Este conjunto de aplicaciones incluye procesado de datos basado en RAPIDS y librerías de Machine Learning, así como las herramientas de data science más populares como TensorFlow, Pytorch Caffe y otros, proporcionando a las empresas un workflow acelerado para una preparación de datos más rápida, entrenamiento de modelos y visualización de datos.

CARACTERÍSTICAS Y BENEFICIOS

MAXIMIZA LA PRODUCTIVIDAD DE LOS CIENTÍFICOS DE DATOS

Aprovecha un hardware absolutamente integrado y un software preconfigurado que está listo para usar proporcionando una productividad instantánea.

DESARROLLO DE MODELOS Y TRAINING MUCHO MÁS RÁPIDOS

Procesa y pasa a producción clusters de manera mucho más rápida con GPU de alto rendimiento Quadro RTX.

FIABILIDAD Y SOPORTE DE NIVEL CORPORATIVO

NVIDIA GPU Cloud (NGC) provee a investigadores y científicos de datos un acceso simple y comprensivo a un extenso catálogo de software optimizado para GPU para deep learning y HPC.

ALTA VELOCIDAD CON RAPIDS EN RTX8000

DATA PREP

TRAINING

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